Normalization

1. 先看综述，后看论著。 看综述搞清概念，看论著掌握方法。

2. 早动手。 在师兄师姐离开之前学会关键技术。

3. 多数文章看摘要，少数文章看全文。 掌握了一点查全文的技巧，往往会以搞到全文为乐，以至于没有时间看文章的内容，更不屑于看摘要。真正有用的全文并不多，过分追求全文是浪费，不可走极端。当然只看摘要也是不对的。

4. 集中时间看文献。 看过总会遗忘，看文献的时间越分散，浪费时间越多。集中时间看更容易联系起来，形成整体印象。

5. 做好记录和标记。 复印或打印的文献，直接用笔标记或批注。pdf 或html 格式的文献，可以用编辑器标亮或改变文字颜色。这是避免时间浪费的又一重要手段。否则等于没看。

6. 准备引用的文章要亲自看过。 转引造成的以讹传讹不胜枚举。

7. 注意文章的参考价值。 刊物的影响因子、文章的被引次数能反映文章的参考价值。但要注意引用这篇文章的其它文章是如何评价这篇文章的：支持还是反对，补充还是纠错。

8. 交流是最好的老师。 做实验遇到困难是家常便饭，你的第一反应是什么？反复尝试？放弃？看书？这些做法都有道理，但首先应该想到的是交流。对有身份的人，私下的请教体现你对他的尊重；对同年资的人，公开的讨论可以使大家畅所欲言，而且出言谨慎。千万不能闭门造车。一个实验折腾半年，后来别人告诉你那是死路，岂不冤大头？

9. 最高层次的能力是表达。 能力再好的工作最终都要靠别人认可。表达能力，体现为写和说的能力，是需要长期培养的素质。比如发现一个罕见病例，写好了发一篇论著；写不好只能发一个病例报道。比如做一个课题，写好了发一篇或数篇论著；写不好只能发一个论著摘要或被枪毙。一张图,一张表,无不是表达能力的体现。寥寥几百上千字的标书，可以赢得大笔基金；虽然关系很重要，但写得太差也不行。有人说，我不学PCR，不学spss，只要学会ppt（powerpoint）就可以了。此话有一点道理，实验室的boss 们表面上就是靠一串串ppt 行走江湖的。经常有研究生因思维敏捷条例清楚而令人肃然起敬。也经常有研究生不理解"为什么我做了大部分工作而老板却让另一个没怎么干活的人写了文章？让他去大会发言？"你没有看到人家有张口就来的本事吗？

10. 学好英语，不学二外。 如今不论去日本还是欧洲，学术交流早已是英语的天下。你不必为看不懂一篇法语的文章而遗憾，写那篇文章的人正在为没学好英语而犯愁。如果英文尚未精通，暂且不要去学二外。

英文文章写作 

1. 阅读10 篇文献，总结100 个常用句型和常用短语。 经常复习。注意，文献作者必须是以英文为母语者，文献内容要与你的专业有关。这属于平时看文献的副产品。

2. 找3-5 篇技术路线和统计方法与你的课题接近的文章，精读。 写出论文的草稿。要按照标题、作者、摘要、背景、目的、材料、方法、结果、讨论、致谢、参考文献、图例、图、表、照片和说明的统一格式来写。这样做的好处是从它可以方便地改成任何杂志的格式。 　　 

　　3. 针对论文的每一部分，尤其是某种具体方法、要讨论的某一具体方面，各找5-8 篇文献阅读，充实完善。这里讨论的只涉及英文表达，也只推荐给缺乏英文写作经验的人。　　 

　　4. 找到你想投的杂志的稿约，再找2-3 篇该杂志的article，按它的格式改写。注意，每次改写都要先另存为不同的文件名，以免出了问题不能恢复。 　　 

　　5. 找英文高手改。找不到合适的人，就去找提供英语论文编辑服务(English correction and improvement，not translation)的公司，在此向有钱没时间的人强烈推荐。 　　 

文献管理　　 

　　1. 下载电子版文献时（caj，pdf，html），把文章题目粘贴为文件名。注意，文件名不能有特殊符号，要把 \ / : * ? < > | 以及 换行符删掉。 每次按照同样的习惯设置文件名，可以防止重复下载。 　　 

　　2. 不同主题存入不同文件夹。文件夹的题目要简短，如：PD，LTP,PKC，NO。 　　 

　　3. 看过的文献归入子文件夹，最起码要把有用的和没用的分开。 　　 

　　4. 重要文献根据重要程度在文件名前加001,002，003 编号，然后按名称排列图标，最重要的文献就排在最前了。 　　 

　　5. 复印或打印的文献，用打孔器（￥10-15）打孔，装入硬质文件夹（￥10-20/个）。我们经常会在参考文献的引用上耍一些小聪明，殊不知这些都会降低论文质量。 　　 

投稿　　 

　　1. 知而不引明明借鉴了同行的类似工作，却故意不引用同行的类似工作，使自己工作看上去"新颖""领先"。实际上审稿的可能就是同行。　　 

　　2. 断章取义故意截取作者试图否定的部分来烘托自己的观点。　　 

　　3 引而不确没有认真看原文，引文错漏。　　 

　　4. 来源不实某些字句来源不可靠(比如非正式的或非学术的出版物)，且不注明来源。常见于一些统计数字。　 

　　5. 盲目自引不是为了说明自己的工作与前期工作之间的关系，而是单纯为提高自己文章被引用次数而自引。　　 

国内文章水平不高的几个原因：　　 

　　1. 审稿人知识陈旧年纪大的审稿人查文献和和上网的能力相当有限，无法核实该研究是否有意义，创新点在那里，方法是否可靠，结果是否可信。但匪夷所思的是他们经常提的审稿意见是"参考文献不够新"。　　 

　　2. 选错审稿人虽然一般指定两名审稿人，但编辑部经常让不懂分子生物学的人审分子生物学的文章，让不懂统计的人审统计处理比较复杂的文章。出于爱面子，很少有人提出"我不适合审这篇文章"。　　 

　　3. 关系文章有了关系，什么都简单了。　　 

　　4. 不承认阴性结果诚实的阴性结果被认为无意义。怪不得有人大声疾呼"我要办一本阴性杂志"。　　 

　　5. 造假任何人都不愿意成为制度的牺牲品。出不来预期结果就没法交差。为生存计，为按期毕业计，造吧。　 

动态的科学　　 

　　1. 科研靠积累。象伦琴发现X射线那样凭借一次简单观察就得诺贝尔奖的机会越来越少。更多的科研成果来自于实验室长期积累。最终实至名归。

做科研不要指望一步登天。设计课题不要好高骛远。基金评审也是这样。没有前期积累，获得资助的可能性小。选导师要想好：你是要白手起家，还是要为人作嫁？　　 

　　2. 文献要追踪。开题时通过查文献了解的情况，到结题的时候可能有很大不同。实验过程中要注意追踪。运气好，你可以得到更多的线索；运气不好，发现别人抢先了。据此修正你的实验。写论文之前一定要重新查一遍文献。　　 

　　3. 记录要复习。前面的实验记录要经常复习。随着经验的增加和认识的提高，你会发现最初的判断未必正确。　　 

我曾经向一些比我有经验的人请教"什么是科研"，他们没有正面回答我，只是给我打了五个比方。 

　　1. 科研是流行歌曲什么流行用什么，什么流行做什么。张口生物芯片，闭口纳米技术。老板是追星一族，流行的就是最好的。　　 

　　2. 科研是移花接木设计课题？课题怎么是设计出来的呢？是拼出来的。A 的材料，B 的方法，C 的指标，D 的意义。　　 

　　3. 科研是傻瓜相机原理搞不懂？恕我老朽，没时间看原理了。我能折腾，多折腾几次就出来了。为什么要做这一步？老板心里明白就行了！他每周安排的活儿我还干不完呢。　　 

　　4. 科研是照葫芦画瓢综述不会写？抄啊。论文不会写？套啊。反正不会有人追究。无知者无畏！　　 

　　5. 科研是垃圾实验完成了，论文发表了，答辩通过了。老板语重心长地说："你们走后，这些都是垃圾"。晕！倒！挣扎！再倒！他们没有骗我，实用主义自有它的道理。但我从此不再随便批判国内的科研水平了，因为在某些时候我也重复着同样的故事。 

写毕业论文　　 

　　1.先列提纲 不列提纲，上来就写，是坏习惯。几百字没问题，几千字勉强，几万字就难了。必须列出写作提纲，再充实完善，以保证思路的连贯和字数的均衡。　　 

　　2. 平时多写 及时总结阶段性的工作，多写文章多投稿。到最后阶段，把这些文字有机地组合起来，就是一篇很好的毕业论文。 　　 

　　3. 不要罗列所有数据 为了保证毕业论文的分量，研究生往往会观测较多的指标。但毕业论文并非数据越多越好。一定要舍弃那些与主旨关系不大的数据。否则，要么显得累赘松散，要么成为破绽。 

　　4. 打印修改 在电脑上直接修改，会遗漏很多错误。要尽可能地减少任何错误，一定要打印出来修改。　　 

　　5. 让别人指出错误 自己修改，仍然受个人习惯的局限。错误摆在那里，却熟视无睹。让别人给你指出错误吧，不管他与你是不是同一专业。 

怎样读文献 

　　1. 目标：漫无目的则毫无效率，抓不住重点才效率低下。选题之前可能会有一段时间处于迷茫状态，不知从哪入手。胡乱看了大量文献，却不知所以然。在导师的指导下，在同行的启发下，有些人可以迅速明确目标，有的放矢，入门就从这里开始。即使导师不导，没有定题，自己也要先设定一个具体的问题看文献。不管你将来做不做这些东西，总比没有目标好得多，保证有收获。科研的一般法则是共通的。　　 

　　2. 层次：对于一个具体的课题来说，相关文献分属于三个层次：研究方向、研究领域、研究课题。例如有人研究干细胞定向分化治疗帕金森病，对他来说，研究方向就是帕金森病，研究领域是帕金森病的干细胞治疗，研究课题是某种物质诱导干细胞定向分化为分泌多巴胺的神经细胞。看文献时要分清手上的文献是属于那个层次，这决定你对它要掌握到什么程度。研究方向层次的文献：一般涉及，基础知识，学科水准，了解当前重大进展与趋势，达到专业人员水平；研究领域层次的文献：了解焦点与热点，已/正/将进行的课题，达到专家水平；研究课题层次的文献：要全面，了解历史、现状、展望、主要方法、手段，达到No1专家水平。正确分辨文章的层次，才能把精力用到点子上。　　 

　　3. 形式：广义的文献包括可以阅读的所有出版形式。教科书、专著、会议摘要汇编、期刊、网页、甚至ppt文件。比如要了解免疫应答的基本形式，最好是看教科书；要参考大鼠脑立体定位图谱，最好是看专著；要知道最新进展，最好是查阅期刊；要了解别人的研究动向，最好是参会或看会议论文汇编。不要找错信息源。　　 

　　4. 程度：对文献的熟悉程度不同，阅读文献的方式大不相同。新手学习式阅读，逐字逐句，搞清细节，掌握最基本的知识点。最初的十几、几十篇要精读，精华的几篇甚至要背诵。老手搜索式阅读，已熟悉各种研究的常见模式和一般套路，能够迅速提取关键信息，把握思路，经常不按常规顺序阅读。有人看图说话，有人辨数识字。高手批判式阅读，一针见血，直指问题所在。实际上没有一篇论文是无懈可击的。新手要稳，老手要准，高手要狠。新手、老手、高手的代表人物分别是研究生、导师和审稿人，但认真钻研的研究生完全可以在3年中实现从新手到高手的嬗变。对自己有清醒的定位，才能选择正确的阅读方式。　　 

　　5. 矛盾：文献读的多了，脑子里塞满了信息。公说公有理，婆说婆有理，反而无所适从？为了解决这个问题，循证医学划分临床试验证据的等级；同理，我们看文献也要重视实验证据的强度。发现矛盾，是第一步；找出异同，是第二步；思考解决，是第三步。从相互矛盾的结论推导中发现矛盾的根源，此时如能跳出圈外，不走思维定势，从原始的科学问题出发，"无招胜有招"，真正是到达另外一种境界了。何必翻译外国人的综述谎称自己的综述？何必重复别人做过的实验谎称自己的思路？

IMPORTANT FEATURES
    * miRNA-target gene table
    * Functional enrichment analysis of predicted miRNA targets (GO, pathway, disease)
    * Expression correlation analysis between miRNA, mRNAs, and proteins
    * miRNA expression profiling and visualization
    * Differential expression analysis for a compendium of miRNA expression data

from JunkDNA.com

HoloGenomics = Genomics + Epigenomics expressed in Informatics.

1.启动子预测工具

Promoter Scan http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/ 

BDGP http://www.fruitfly.org/

TFsearch  http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html

Promoser  http://biowulf.bu.edu/zlab/PromoSer/

Sigscan  http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/

2.转录终止信号预测工具

Hcpolya  http://zeus2.itb.cnr.it/~webgene/wwwHC_polya_ex.html

POLYAH www.sofrberry.com

POLYADQ  http://rulai.cshl.org/tools/polyadq/polyadq_form.html

3.CpG岛分析

CpG Island Searcher http://cpgislands.usc.edu/

CpG finder  http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=cpgfinder&group=programs&subgroup=promoter

CpG islands revealing  http://zeus2.itb.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl?page=ex

CpGPlot/CpGReports/lsochore http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/cpgplot/index.html

4. ORF识别工具

ORF Finder  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

GetOrf   http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/MobylePortal/portal.py?form=getorf

BestORF http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=bestorf&group=programs&subgroup=gfind

Plotorf  http://imed.med.ucm.es/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=plotorf

http://bioweb2.pasteur.fr/docs/EMBOSS/plotorf.html

GENESCAN  http://genes.mit.edu/GENSCAN.html

GeneMark  http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/

Gene Finder http://rulai.cshl.org/tools/genefinder/

GlimmerM  http://cbcb.umd.edu/software/glimmer/

Generation  http://compbio.ornl.gov/generation/

5. 内含子、外显子剪切位点识别

GENESCAN

GENEMARK

NetGene2  http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/

Splice View  http://bioinfo.itb.cnr.it/oriel/splice-view.html

6.分析mRNA/cDNA的外显子组成

Spidey http://www.ncbi.nlm.nih.gov/spidey/

SIM4 http://www.bioinfo.org.cn/relative/SIM4%20-%20a%20program%20to%20align%20cDNA%20and%20genomic%20DNA.htm

BLAT  http://genome.brc.mcw.edu/cgi-bin/hgBlat

BLAST  http://genome.brc.mcw.edu/cgi-bin/hgBlat

FASTA  http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/index.html

7.内含子/外显子剪切位点识别工具

NetGene2 http://www.cbs.dtu.dk/services/NeGene2/

GeneSplicer

BCM Gene Finder

GrAIL  http://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/

9.核苷酸序列综合分析软件

10. 限制性酶切位点分析

11. 序列前处理

4. 最后去除长度小于100bp的序列。

12. ESTs聚类的数据库

www.softberry.com

1.Taverna project  http://taverna.sourceforge.net/

1.The RNAi WEB

MicroRNA target scan , 几种预测MicroRNA靶基因的工具http://www.rnaiweb.com/RNAi/MicroRNA/MicroRNA_Tools___Software/MicroRNA_Target_Scan/index.html

2.miRBase:the home of microRNA data

 http://microrna.sanger.ac.uk/sequences/

3.Sequence evaluation of microRNA properties  http://tagc.univ-mrs.fr/mireval/

This user friendly tool evaluates a sequence in regards to its possible microRNA-like properties. The properties used to evaluate each sequence are the following: microRNA precursor-like structure(1), sequence similarity with a known microRNA(2) and sequence conservation(3).
4. Target Scan  http://www.targetscan.org/    

Search for predicted microRNA targets in mammals

5.miRNA resource

关于mirna的一些介绍和研究进展

http://www.ambion.com/techlib/resources/miRNA/index.html

6.Ambion http://www.ambion.com/techlib/tn/152/index.html

有关RNA interference ,mirna, rna isolation, expression analysis等信息

7.国外microRNA领域大总结 http://bbioo.com/Article/2005/4421.htm

1.Gene gateway-exploring genes and genetic disorders

介绍了几个常用生物信息学软件和网站（如OMIM,NCBI MAP view，NCBI blast， PDB等）的功能和使用说明 http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/posters/chromosome/tools.shtml

2. NCBI Tools for Data Mining

NCBI上几种数据挖掘工具的综合介绍（Nucleotide sequence analysis,protein sequence analysis, structures,genome analysis,gene expression, tools for programmers）

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Tools/

3.CBS Bioinformatics tools  http://www.cbs.dtu.dk/biotools/

DNA array tools Tools for analysis of DNA microarray data. EasyGibbs Motif recognition in protein sequences by Gibbs sampler. EasyPred Development of neural network and weight matrix prediction methods for protein sequences. FeatureExtract Extraction of sequence and annotation, e.g. intron/exon structure, from GenBank entries and other GenBank format files. FeatureMap3D Combining protein sequence-based information with structural data from the Protein Data Bank (PDB). MatrixPlot Visualizing structural sequence constraints. MaxAlign   - new - Maximizing the number of characters that are present in gap-free columns - alignment area - by selecting an optimal subset of sequences in an alignment. MHCMotifViewer   - new - Easy browsing and visualisation of MHC class I and II binding motifs. RevTrans Multiple alignment of coding DNA using protein level information. RNA Structure Logos Displaying structural RNA alignments. VirtualRibosome A comprehensive tool for translating DNA sequences to the corresponding peptide sequences. VDJsolver   - new - Analysis of human immunoglobulin VDJ recombination. 4.CGAP (The Cancer Genome Anatomy Project) http://cgap.nci.nih.gov/ The goal of the NCI's Cancer Genome Anatomy Project is to determine the gene expression profiles of normal, precancer, and cancer cells, leading eventually to improved detection, diagnosis, and treatment for the patient. By collaborating with scientists worldwide, CGAP seeks to increase its scientific expertise and expand its databases for the benefit of all cancer researchers. 5.STRING STRING is a database of known and predicted protein-protein interactions. The interactions include direct (physical) and indirect (functional) associations; they are derived from four sources http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=VWhrqgHSbrre&sessionId=5v8CpmhcRljN 6.GOstat This program (GOstat) should help in the analysis of such lists and will provide statistics about the GO terms contained in the data and sort the GO annotations giving the most representative GO terms first. http://gostat.wehi.edu.au/cgi-bin/goStat.pl 7.DAVID  Bioinformatics Resources2003-2008 The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) 2008 is the sixth version of our original web-accessible programs. DAVID now provides a comprehensive set of functional annotation tools for investigators to understand biological meaning behind large list of genes http://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp 8. Gene regulation http://www.gene-regulation.com/cgi-bin/pub/databases/transfac/search.cgi 9.JASPAR  http://jaspar.genereg.net/ The JASPAR CORE database contains a curated, non-redundant set of 123 profiles, derived from published collections of experimentally defined transcription factor binding sites for multicellular eukaryotes. The prime difference to similar resources (TRANSFAC, TESS etc) consist of the open data acess, non-redundancy and quality: JASPAR CORE is a smaller set that is non-redundant and curated. When should it be used? When seeking models for specific factors or structural classes, or if experimental evidence is paramount 10. VENNY http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html 用于多个集合的取交运算 11.4-way Venn Diagram Generator  http://www.pangloss.com/seidel/Protocols/venn4.cgi 12.Bioplanet  http://www.bioplanet.com/index.php 有关bioinformatics的工作 招聘信息 软件 CV PS等 13.VennMaster Software Documentation A tool for drawing area proportional Euler diagrams http://www.informatik.uni-ulm.de/ni/mitarbeiter/HKestler/vennm/doc.html 14.GENETWORK http://humgen.med.uu.nl/~lude/genenetwork/ Introduction: GeneNetwork is a functional human gene network, which consolidates evidence for gene-gene interactions from HPRD, BIND, Reactome, KEGG, GO, microarray co-expression and Yeast Two-Hybrid (Y2H) experiments. Apart from many known interactions, a considerable number of novel interactions have been predicted. Additionally, for two different genes it can be assessed how these genes can be associated with each-other, directly or indirectly. 15. BROAD INSTITUTE   http://www.broad.mit.edu/node/146 The Broad's scientific platforms are teams of professional scientists who focus on the discovery, development, and optimization of the critical technological tools needed to obtain and analyze the massive amounts of genome-related data that are being generated by scientists at the Broad and around the world. Platform scientists have the expertise and organization to carry out major projects that could not be done within a single research laboratory, and work closely with the scientific programs and other collaborators to tackle critical questions in human biology and disease. Biological Samples Platform Chemical Biology Platform Genome Sequencing Platform Genetic Analysis Platform Imaging Platform Proteomics Platform RNAi Platform 16. Gene ID converter  http://idconverter.bioinfo.cnio.es/ 17. Trailfire  Learn Bioinfromatics  http://trailfire.com/frank/trailview/32052 18.Berkeley Drosophila Genome Project  http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html

g:Profiler -- a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments

KEGGanim: pathway animations for high-throughput data

爱沙尼亚出品

此外还有更炫的

Posted by: Michael Ngan (nganm@mail.nih.gov)  07/24/2008 15:09
Hi Lana,

Hi Lana,

To use BRB_Arraytools with Excel 2007, you need to follow this procedure:

Excel 2007 Security:

It is required to check “Trust access to the VBA project object model”.
- Click the “Office Button” located on the left-top of Excel menu,
- Click “Excel Options”, then choose “Trust center” on the left, then “Trust center settings”, then “Macro settings” on the left,
- Check  “Enable All Marcros”
- Check “Trust access to the VBA project object model”, and click “OK”.

Add-In:

- Click “Add-Ins” above the Trust center on the left panel.
- Click on BRB-Arraytools on the Active or Inactive applications add-ins, and then click Go on the bottom.
- Check BRB-Arraytools, BRB-Arraytools Rserver, BRB-CGHTools, then click OK.

If you don’t see “Add-Ins” ribbon alongside “Home Insert . . . Reviw View” panel, then close Excel and restart.

If you got this “This workbook has lost its VBA project, ActiveX controls and any other programmability-related features.” Then go to this link for a fix:

http://www.asap-utilities.com/faq-questions-answers-detail.php?m=145

Hope this help.

Mike
BRB-Arraytools Team

Citation: Wei L, Yu J (2008) Bioinformatics in China: A Personal Perspective. PLoS Comput Biol 4(4): e1000020. doi:10.1371/journal.pcbi.1000020

Published: April 25, 2008.

>>

Brain Connectivity Toolbox for Matlab.

NetworkAnalyzer for Cytoscape.

在线的有两种:矩形的和椭圆的.

vennDia.R 

eGOn (explore GeneOntology) is a web-based tool for interpreting and statistical analysis of genomic data or other interesting gene sets using Gene Ontology.

GOstat for group gene annotation and enrichment test.

courses and slides.

thanks to Xianjun! 

Translational research transforms scientific discoveries arising from laboratory, clinical, or population studies into clinical applications to reduce cancer incidence, morbidity, and mortality.

摘自tumorigenesis.com
癌症研究走向何方-1
癌症研究走向何方-2
癌症研究走向何方-3
作者在篇尾说道：

亲历一个新兴学科分支的产生和成熟，是一件令人鼓舞、引人深思的事。创新，真的不是口头说说、一朝一夕即能完成的。而美国，这个全世界科技最为强大的国家，责无旁贷的承担起制定新规则的任务，并在数十年中受益于此。我们也许能够将纽约的高楼林立，原封不动的照搬到上海北京，然而我觉得，隐藏在高楼之下的群体智慧，不那么容易拷贝，却是更值得我们深深思考、仔细玩味的。

感兴趣的还可以移步SCI期刊中的长尾现象

这篇摘要中提到的几个软件，能用的有：
Banjo
ARACNE
cluster
另外日本的这个组做的Cell Illustrator也很棒。

 

CLUTO and weka 

Good collection at WhiteHead.

另外有些editorial也不错:

Ten Simple Rules for a Good Poster Presentation.

421: others

TRANSFAC中收录的有相应转录因子信息的基因在各物种间(共116种)的分布情况，其中基因数目>10的详表。

609 human, Homo sapiens
422 mouse, Mus musculus
239 rat, Rattus norvegicus
192 yeast, Saccharomyces cerevisiae
115 thale cress, Arabidopsis thaliana
85 fruit fly, Drosophila melanogaster
78 chick, Gallus gallus
55 clawed frog, Xenopus laevis
37 maize, Zea mays
29 rice, Oryza sativa
20 barley, Hordeum vulgare
19 Caenorhabditis elegans
17 mouse, Mus hortulanus
17 tomato, Lycopersicon esculentum
16 cattle, Bos taurus
16 rabbit, Oryctolagus cuniculus
15 tobacco, Nicotiana tabacum
14 fission yeast, Schizosaccharomyces pombe
13 Aspergillus nidulans, Emericella nidulans
12 Neurospora crassa
11 EBV, Epstein-Barr virus

With the blog Personal Genome's new web design comes a can't-miss theme song: Jonathan Coulter's "That Spells DNA."  We never thought we'd hear a song with the words "thymine," "messenger RNA," or "ribosome" in it, but there you go. Beware, though -- the song is catchy and you might find yourself humming "Each cell has a nucleus, each nucleus has chromosomes/And DNA, baby, that spells DNA" all day long.

-- 
We start the story when Mom met Dad
And they danced all night and he took her home
It might have been all the wine they had
But they rolled the dice and won your genome

Then you grew and you grew and one day you were you
And you looked like your father and mother
If you’re looking for someone convenient to blame
You can take your pick it’s one or the other

DNA, you’re in my heart
DNA, in fact you’re in every part of my body
Each cell has a nucleus, each nucleus has chromosomes
And DNA, baby, that spells DNA

Guanine met Cytosine, fell in love
And then Thymine got busy with Adenine
They sent the messenger-RNA
To the ribosome to make more protein

And while it’s killing you dead it will mess with your head
And it’s the light in the dark that will guide you
It’s the pages and pages of what you are like
In the giant book that’s hidden inside you

DNA, you’re in my heart
DNA, in fact you’re in every part of my body
Each cell has a nucleus, each nucleus has chromosomes
And DNA, baby, that spells DNA

If it says TGGTCGAAC
Then you might get the cancer
If it says GTCACGACAGG
Then you shouldn’t eat shrimp or nuts
If it says TATACACATATCCTCGT
Then you’ll probably wish that you didn’t know

The time will come when you’re almost gone
And you try to guess but you’ll never know
You do your best and you soldier on
Every day you’re here till it’s time to go

All the good things and bad that you do or don’t have
You can find out for sure if you got ‘em
But there’s a spiraling staircase that you’re falling down
And you’re nothing but dead at the bottom

DNA, you’re in my heart
DNA, in fact you’re in every part of my body
Each cell has a nucleus, each nucleus has chromosomes
And DNA, baby, that spells DNA

The Transcriptional Regulatory Code of Saccharomyces cerevisiae. 2004 Nature
奇怪右边的链接里竟然没有Young Lab. 

• Sterding's NonCoding
• RNA Bioinformatics

发信人: maiqing (麥子|CCME02|其实我很油菜), 信区: CCME
标 题: [新分子共和国：第一弹]被误读的语言——DNA
发信站: 北大未名站 (2007年05月02日20:02:44 星期三) , 站内信件

被误读的语言
By 朱斌
高更曾经将他一幅自以为传世之作的油画题名为《我们从哪里来？我们是什么？我们要往哪里去？》。这是他第二次来到塔希提岛时的作品，那时候画家贫病交加，又新丧爱女，决定在自杀前绘制这幅绝命之作。高更把他全部的精力都倾注在这幅作品之中，在恶劣的环境中，以痛苦的热情和清晰的幻觉来描绘。没有模特儿，没有画技，没有一般所谓的绘画规则。他认为这幅画比他以前的任何作品都要优秀，而且此后再也不会有比它更好的或同样好的作品。他甚至写道：这幅画满是数学错误，而且全部出自于想象。它充满了隐喻和哲理，以及对于生命意义的追问。号称囊括了终极真谛的这部作品自然吸引了后世无数的数学家与物理学家，他们慕名前往，在波士顿美术博物馆的巨大展台前驻足观望。然而令人失望的是，他们并没有看到期望中类似于达利或者埃舍尔画作中的符号特征，他们甚至无法理解，这与数学有何关系。与科学家们一样，现在我注视着这幅画，相隔着110年时光的尘埃，看不透画家心中蕴藏的答案。

或许你不明白DNA分子会与高更的画作扯上关系，我想这二者之间的共通之处大概在于它们最终都要聚焦到理解生命这一层面之上。不错，DNA是遗传与变异的载体，是生命过程中最为奇妙的物质。自莱文发现核苷酸的化学组成以来，无数化学家与生物学家在解析其成分结构的过程中做出了巨大的贡献，人类基因组计划的完成更是空前的提高了人类对于认识自身的自信。DNA在今天或许已经成为妇孺皆知的时髦词汇，提起它时恐怕所有人都对它那著名的双螺旋结构有所了解或者自以为了解，而这项摘取诺贝尔奖的殊荣则属于伟大的沃森与克里克。不过很遗憾，他们并不是本文的主角，两者都不是。

故事应该从1943年2月爱尔兰都柏林的三一学院开始讲起。一位忧郁的，有诗人气质的物理学家被邀请来在这座学院作一系列的演讲，这名来自奥地利的科学家名叫薛定谔。不过，这一次我们的薛定谔讲的不是他那著名的猫，与量子理论似乎也并无太大的干系，这或许让在场的听众学生稍稍有些意外。一年之后，一本与讲座同名，叫做《生命是什么》的小册子整理出版，开始影响并将持续影响一代又一代年轻的科学工作者们。在这本书的序言中，薛定谔声明：对于生物学，他从没有做过专门深入的研究；而事实上在当时，生命科学也不算是真正的科学，达尔文与普朗克他们彼此陌生毫无理解。伟大的20世纪，学科分化的严重性初见端倪，每个学科的专家都钻到越来越小的圈子里边，没有人能够把已有的知识综合起来。那么只好由他先跳出来，作为一名理论物理学家，开始对生物学不合时宜地指手画脚。没想到，他却扭转了整个20世纪生命科学的方向。

薛定谔对于希腊哲学有种挥之不去的迷恋情怀，在他心中物质世界里最为坚定的信念就是它的可理解性与客观性。针对生命，尽管他无法给出一个确切的定义，但却相信最终可以用物理和化学原理进行说明。他认为生命是一个类似晶体的结构，一种奇特的、无周期性可言的晶体，在成长的过程中不断重复着自身的结构；但生命又远比任何晶体矿石迷人和变幻莫测：两者间结构上的差异就如同一张普通的墙纸和一件杰出的刺绣工艺品之间的差异一样——前者是同样的图案按一定的周期不断地重复，后者可比作拉斐尔的提花绒绣，不是简单乏味的重复，而是一幅由艺术大师描绘出的精美的、有着内在联系的、富有深意的图案。在这里值得注意的是：作为物理学家的薛定谔，从来也没有把生命视作一种简单的机械现象。

好吧，让我们看一看这本小册子里他写了些什么。薛定谔为生命科学绘制了三幅著名的图景：(1)生命是非平衡系统并以吸收负熵为生。(2)遗传物质是一种有机分子，遗传是以密码的形式通过染色体来传递的，其上有基因的存在。(3)生命体系中存在量子跃迁现象。因此，生命以量子规律作为基础。诚然，这里仍然没有提到DNA。在薛定谔的视野与猜想中，这种搭载了基因的遗传物质可能是具有更为丰富组成成分的蛋白质。不过，薛定谔的横插一杠子却极大的激发了原本对于生物学缺乏兴趣的物理学家们的胃口，一时间年轻物理学家、化学家投身生命科学以寻找物理学的生长点蔚然成风。在美国，一名研究鸟类行为的生物学家在他17岁那年（1945年）读到了这本书，然后他满心欢喜地去旁听著名的遗传学家莱特的课程，后者对于基因如何发挥作用同样抱有着浓厚的兴趣。与此同时，他的注意力也从鸟身上转移到了基因身上。这位年轻的生物学家叫做沃森，那时候生物学家们已经跟随着物理学家开始自由地用基因这个词来表示遗传信息的最小单位这个概念，但他们还不知道基因究竟是什么，直到六年后的1951年秋，沃森来到英国，在剑桥大学里首次遇见了克里克。我不知道是不是因为他们聊起了所读过的同一本书而相见恨晚，但至少可以肯定的是这决不会是一种巧合——在当时没有读过《生命是什么？》的科学家是深受鄙视的。事实就是正在剑桥大学攻读物理学博士学位的克里克深在这个小册子中品味到了生物学广阔的领域需要物理学家的参与和共同开拓，而他深信用自己所掌握的物理知识有助于生命科学的研究，于是两人就此一拍即合。当然我无意于在此纠缠于富兰克林、威尔金斯和二人的恩恩怨怨（值得一提的是威尔金斯也受到了薛定谔著作的影响），总之在1953年2月28日中午的老鹰酒吧，弗朗西斯•克里克和詹姆斯•沃森先后步入，宣布了他们的发现：DNA是由两条核苷酸链组成的双螺旋结构。尽管沃森与克里克在获得诺奖之后到过无数的大学及其他正式场合作各种报告，并且都受到了隆重的接待，不过它们之中的任何一个，都不及在这个滑稽的酒吧里如疯人癔语般地宣告更为意义重大。

在薛定谔指尖指向的地方，还有谁走得更远？物理学家盖莫夫有很长一阵子整天和沃森他们混到一起，把自己当生物学家。不过他也不是白混的，薛定谔关于基因遗传密码的思想就是他最先加以实现：既然已经知道了DNA由四种碱基构成而组成蛋白质的是20种不同的氨基酸，并且DNA的序列将决定蛋白质的序列，那么这种类似于莫尔斯码的密码子将一定是三位，因为4^3=64>20；普里高津则抓住了另外一个关键负熵的概念，最终提出耗散结构模型和非平衡态下不稳定的热力学，化解了生命系统与热力学第二定律之间的矛盾；当然我不清楚1948年数学家香农引入信息论中那个名为信息熵实即负熵的概念是否也受到了薛定谔的影响，但这似乎在数学提供了一种表达，使得DNA可以与由若干个四元集构成的笛卡儿集类比起来，作为一种含载了信息熵的语言来进行分析解码；我们的克里克也并没有停止对于生命的思考，在双螺旋之后又提出了DNA活动规律的中心法则，事实上这里面蕴含的思想甚至比双螺旋本身更为震撼人心；而在赫尔曼•哈肯则在他的《协同学》中暗示这种自循环与大循环嵌套的“中心法则”不过是自催化增值生物大分子的一种协同性超循环进化模式……在整个突飞猛进的20世纪下半叶，群涌而至的科学家们在生命
科学领域掀起阵阵了波澜，各种技术日趋成熟，关于人类基因组工程的四张美好蓝图寄托了人们对于解读DNA语言的美好期待。然而在拥有了更多的细节知识的今天，如同当年《生命是什么？》一般激动人心的思考却在逐步丧失。生命是怎样？它为什么是这样？它如何以成为这样？顺着这样的问题去寻找答案你能发现在分子进化的过程中由DNA取代RNA大概是脱氧之后结构的稳定，双链取代单链亦缘由于此；你可以追问为什么ATP会成为最为通用的能量货币，这与人类纷纷选择黄金有何类似之处？或许只是因为腺嘌呤的结构可以直接由五个氰酸化合得到，是自然界有可能产生最早的碱基，继而衍生其它；那么接着还要问：为什么诸如蛋白合成的过程，却又有GTP供能现象的存在？好奇的本能告诉我们，对于每一个化学过程，应当学会问为什么。糖酵解的每一步有何意义？叶绿体膜的磷脂成为如何提高了它的流动性正如线粒体的心磷脂如何降低了其膜的通透性；而这又与光复合体之间的电子传递有着如何密切的关系。当你看到一行数据，需要在头脑中浮现的不是它是什么而应当拷问自己为什么会这样。当然，这和主题又扯远了。

在DNA最近的研究成果之中，值得关注是对于双螺旋结构的颠覆。在对DNA的解码过程中发现，一级结构的测定似乎不足以提供全部的信息，高级结构层次上的调控作用更为重要；基因本身就像是社会化的个体，同样拥有着生物体个体所拥有的大量特征，也许它们而不是我们种群才是进化的真正单位，生物体不过是被利用的载体而已（参见道金斯《自私的基因》）；人们通过研究不同的重组质粒、人工合成寡核苷酸链及DNA的限制酶酶切片段，发现在不同的条件下这些片段可能形成不同的非B-DNA 结构：单链、Z-型、十字型、膨出型、弯曲型、三链体型及四链体型DNA等等。这样看来，通常的双链DNA似乎只是一种保存遗传信息的“静态”惰性结构，而打破双链DNA形成非B-DNA才是其执行功能的“动态”构型；其中四链结构最初是在端粒序列中发现，端粒的存在本身便可以理解为从单细胞到多细胞进化过程中的一种分工与妥协：细菌的环状DNA不存在复制丢失的问题，而真核细胞却需要端粒酶对于末端RNA切割之后的空缺进行补齐，那么这种具有四级结构的序列对于端粒酶的调节则可以决定细胞的分化——是作为可无限增殖的生殖细胞还是限制了传代的体细胞。事情在这个层面之上便变得远比简简单单的基因测序要有意思得多。

总而言之，生命的黑匣子并不像机械还原论可以处理的对象一般简单，所谓基因工程解出来的也远远不是我们所需要的答案。养几个细胞P几段序列提几个质粒转几道膜，把基因一写文章一发就算解释了一个生命的过程么？研究DNA就像是研究语言，不过这种语言曾经甚至直到现在仍然在被误读着。如何将其解码，如何探起源流，或许还需要再一次学科地融合。正如在本文中我提到的或者没有提及的众人：薛定谔、普里高津、哈肯、香农……我们的时代在技术愈来愈进步的同时正在失去这样优秀的眼睛与大脑。或许我们需要回到高更的画作，在那幅《我们从哪里来？我们是什么？我们要往哪里去？》之中，我们能够看到摘取智慧之果的亚当、从婴儿到老人的人生之旅以及塔希提式的东方图腾，青色基调树影的背景，赭色与橙色的人体，除此之外呢？人类理解生命，理解自身的道路才刚刚起步。我们理应从尘埃之中拾取前人的思维之光，抛开生物个体的限制，抛开冗杂的技术手段，抛开物理与化学各学科之间的诸多成见条条框框，用自己的头脑，去寻找生命的答案。

参考书目：
《生命是什么》 薛定谔 《自然与希腊人》 薛定谔
《双螺旋》 沃森 《自私的基因》 道金斯
《协同学》 哈肯 《确定性的终结》 普里高津
注：因全凭记忆写出，故版本不详，请见谅。

分子共和国再发后记：分子共和国从诞生到第一次结束走的相当坎坷。大家从满怀热情的关注《元素的世界》到对《分子共和国》的质疑让它的存在变得茫然。文章的质量，内涵，写作风格……林林总总的问题摆在面前时，仿佛真的看不到出路在哪。但这绝对不应该是《分子共和国》的本来面目，这样一个创意决不应该在这里死去。好吧，忘记《元素的世界》，我们希望从另一种角度来诠释分子。当一个创意放在我们眼前时，我们愿意再次尝试它，不论结果如何。

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没有人是一个岛

Conservation and evolution of gene coexpression networks in human and chimpanzee brains

Full text in PNAS & Group website

Abstract
Comparisons of gene expression between human and non-human primate brains have identified hundreds of differentially expressed genes, yet translating these lists into key functional distinctions between species has proved difficult. Here we provide a more integrated view of human brain evolution by examining the large-scale organization of gene coexpression networks in human and chimpanzee brains. We identify modules of coexpressed genes that correspond to discrete brain regions and quantify their conservation between the species. Module conservation in cerebral cortex is significantly weaker than module conservation in subcortical brain regions, revealing a striking gradient that parallels known evolutionary hierarchies. We introduce a method for identifying species-specific network connections and demonstrate how differential network connectivity can be used to identify key drivers of evolutionary change. By integrating our results with comparative genomic sequence data and estimates of protein sequence divergence rates, we confirm a number of network predictions and validate these findings. Our results provide insights into the molecular bases of primate brain organization and demonstrate the general utility of weighted gene coexpression network analysis.

CV / cover letter / research proposal...

here
maybe tooold for someone, still helpful for newcomers.

Rule 1: Do Not Be Lured into Just Any Collaboration
Rule 2: Decide at the Beginning Who Will Work on What Tasks
Rule 3: Stick to Your Tasks
Rule 4: Be Open and Honest
Rule 5: Feel Respect, Get Respect
Rule 6: Communicate, Communicate, and Communicate
Rule 7: Protect Yourself from a Collaboration That Turns Sour
Rule 8: Always Acknowledge and Cite Your Collaborators
Rule 9: Seek Advice from Experienced Scientists
Rule 10: If Your Collaboration Satisfies You, Keep It Going

Tree是Windows操作系统专门用来以图形方式显示驱动器或路径的文件夹结构的命令，它是DOS命令，它显示的文件目录按照树型显示，非常的直观，就像一个分支表。命令格式为：Tree [drive:][path] [/f] [/a]，各参数的分别为：

drive表示要显示目录结构的磁盘的驱动器。
　　path 表示要显示目录结构的目录。
　　/f 表示显示每个目录中的文件名。
　　/a 表示命令使用文本字符而不是图形字符显示链接子目录的行。
　　这里我们利用定向符">"将显示的目录结构输出到一个文本文件中，这样我们就可以随时打开文件对目录结构进行浏览。例如：Tree c: >c:ist.txt /f命令的意思是将C盘下的所有文件列表保存在C盘根目录下的list.txt文件。

a collection of questions and answers about bioinformatics.

细胞叛逆者 (PDF)

part1, part2, part3, part4.

all from Arpin Studio.

网上大都是在线的.我做了pdf.

点这儿.

发信人: wennydfb (moroseprince), 信区: PhD
标  题: 读博士的一些想法和做法（1）
发信站: 水木社区 (Sat Oct 14 23:35:11 2006), 站内

序：写过一个心路总结，里面大都是生活为多，感慨丰富，这里写篇长文来探讨博士生生涯的学术研究以及从博士到博士后的转化过程中的注意问题，声明：本文纯属个人感受，不妥之处可商榷。自己就在国外呆过一年多，是个假海归，比起国内外那些真本事的，甚至比有些在读博士生都不如，纯属班门弄斧，牛人大可无事之。
也许有时候博版不希望水太大，有希望商讨的博士可以站内写信给我，我是有信必覆。
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谈读博的文章很多很多，各大学bbs，研学论文，天涯，紫霞，丁香园，看看了感慨很多，希望能写下自己一些读博感受，能够给正在读博或即将读博的师弟师妹一些参考，有所裨益那很欣慰了。根据我的理解，工科与文学、理学读博还是有很大差别的。我是真实反应自己的读博方式，许多观点可能跟其他人不同，因为也不具备普遍意义，

可能其他人看来还不可取，我想做的是给人家一个参考，取舍由师弟师妹们自己决定。简而言之，本文特别适合对于一个愿意投身学术的人来说，此乃我以为做博士的意义，学术绝非几年之功，而是一生之事。

正像我在回忆三年博士生涯中额外收入可以看到，我没有任何社会上经历，就是每天泡教研室的类型。大学想来最可爱，开始抽烟喝酒谈恋爱，还好学习也不赖，硕士想来很无奈，做做试验发片文章，体验体验搞科研的过程，没有怎么深入，博士么真累，咖啡喝了无数瓶，为了中午不睡看文献，电脑旁写申请写论文，时间太长导致眼疾，为了一个公式推导可以不吃饭，头发掉了很多，体重达到110斤，现在160。现在回忆起来最先进入脑海的就是我的转椅，电脑桌一边电脑一边是书桌，所以我就吱吱呀呀地每天每时地转来转去，我师弟开始快被我折磨死了，修理换椅子都不行，后来习惯了，自己就开始吱吱呀呀地折磨下一届师弟啦。在此，也谨以此文献给那些被我折磨的师弟师妹们。
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第一：为什么读博
每次这个问题都会引起大水，什么观点都有。我也不讲了，每个人都有自己的理由。我是一直希望上学上到头的那种，所以我一直准备考博士，没有想校园外如何生活过。因此，我对于硕士老板和博士老板指的研究方向都没有抵触，跟什么老板搞什么课题，我的跨度还是满大的，不过最后还是以信息处理为职业了。因此，我读博理由就是我一直想读，感觉感觉博士是怎么回事，家庭情况可以，时不时接济自己一下，自己也花不多，吃饭卖书，卖书找老板报销，谈女友没有怎么花钱，大都是女友出资。北京三年没有去过长城，故宫，基本就是每天赖在实验室和宿舍，书店的那种，有时非常喜欢10.1放大假的感觉，空荡荡的自己听音乐，看书，打游戏，看小说电影，就是不喜欢出去玩。读博一是家里没有负担，否则父母真是够辛苦的，二是喜欢，三是享受这个过程。

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第二：怎么考博
由于本人愚笨，英语不好，出国前期花费问题，所以不出国读。当初想去中科院某学所，可惜一个老院士打击我，说你们学校呢，基础不好，来我啊这里很累，我也不想从头浪费时间教你，你还是考虑其他的吧。考北大，北大的英语真难，考50几分也考不到，没戏。记得有个同学考人大英语也很bt，考一天，听说读写都考。清华的英语倒是
规范，可惜那个我喜欢的老板调吉林去了。只有再找，本校老板倒是欢迎，可我总喜欢换换学校，这样也弥补我不爱出校门的缺点。所以就跑南方浙大去了，当时过六级免试听力，我就钻空去了。要报的老板写信（不是email）交谈还不错，还亲自邮寄来专业科的书，真让我感动。因此，考博就亲自跑跑或问问，能遇到好导师真是好，
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第三：博士生一年级
真是不幸运，浙大这个老板又去美国了，我被调到另外一个老师那里，入学就叫我过去了，说作信息处恚阋郧拔锢淼模赡艿貌购芏嗫危褂蟹⒈鞸CI论文才能毕业，当时我就蒙了，拿着老板的书不知怎么离开的。非常好的是我同宿舍的一个是信电系老博士，从他那里把信号系统，数字信号等一堆书借来，不懂就问他，选的一些他们系的科就找他通融通融，勉强都混过去了，感到隔行如隔山，这个山不知怎么越过去，学了半年只了解大概。最先过的关口是研究方向的了解，老板从Rev. Mod. Phys.上找了一篇综述，真是好，80多页，几乎99年以前这个方向的文章都在它的参考文献里，所以我就上过课后就蹲在西文过刊室里，那是网上还没有买APS以及AIP的数据库，那里面很多文章，IEEE的文章不多，所以我都是自己掏钱复印，大约几百元吧来复印文章，为了复印你得练就各种本领，比如和馆员混熟，那么中午就可以带个包子和瓶水呆在书库里，一个人翻很清净，和复印员熟了就可以自己复印交给她钱好了。文献好多来不及看，就要记文章名字和作者名字，以及年代，这样一年一年的来找，晚上抽时间把所查的文献输入一个文档里，可以用查找来看是否重复，一年一年的分开页数自己整理好，由于这个方向很新，88年开始吧，我当时的原则就是把88年－99年馆里所有能查的都复印来，有次我发现一期杂志都是，害得我终于破产了，还好当时老板看到我复印那么多，而且对于我们实验室都有好处，每年每年我整理放在那里大家查，所以就给我开始报销了，那之前大约300元都是自己掏的，浙大是实行馆复印卷，上面印的钱数，有时同屋的老博士用不了就接济我，有一天终于基本复印齐了，这个过程大约有接近3个月的时间，放齐了排起来有一个显示器那么高，大约是469篇，有多页也有一页的不等。杭州是个没有暖气的城市，冬天大约0度左右，拿杯热茶，披上黄棉大衣，开始了阅读的征途。说实话，看着看着就困了，没有头绪，都讲的很好，都不会，甚至单词都查不到，大约一周只是熟悉了一些专业词汇。我后来改变策略为：找科普类的看，比如Nature和Phys Today，这两个杂志真正做到了返璞归真，大智若愚，不要以为上面多深奥，其实有些介绍，评论很有趣，比起那些八股文似的论文好懂多了，看看题目你就能体会到，Nature许多题目是？号，这让我感到了希望，其实就是自己烦了，随手抽来一篇看来就看进去了，可见也不是偶然，不是说熟读唐诗三百首，不会做来也会诌，这个浸染是有道理的，搞理论的确实有这个时间可以这样做。总有人想从中文看，好理解么，由于我的方向中文还真不多，也就没有注意，反过来在查中文期刊论文，发觉差别确实存在，干脆就不看了，不是什么歧视或者崇洋，中文的水平大家都知道，好的有不少，大都不怎么好。整个上半学期就是看文献和上课，当许多同学还在犹豫选老板那个方向的时候，我没得选，就这样过来了。其实没有选择反而更能集中精力，曾遇到不少同学选了这个，又觉得那个好，换来换去，不知浪费多少时间。

下半学期，老板想了新方法，我用Mathematicas算，可能我随便选的参数正好在那个区域，所以就我和一个师弟算出一个好的结果，这样就让我写这篇论文，等到暑假的时候我就投出去一篇，这时宿舍里弟兄们还有的讨论到底选什么课题，想来真是幸运，当然写的过程也是很痛苦，老板给的压力和凶脸不是很好看啊。反过来看第一篇外文，看来很幼稚和笨拙，我的方法是这样的，在所有要引用的文献之外，找一个方向差很远的文章，我把它的结构都抄过来，比如，什么什么，但是，怎么怎么，然而，所以，因此，文章第一部分如何，最后，我们得出怎么怎么，整个的这种虚词部分大都相同，即使套不进去，就找第二篇，这样套，当然里面数据和专业词汇都是要自己的，反正这样抄袭不会落到同行手里，我称为智慧的抄袭，无奈之举，反正要写好，还是自己要多练，甚至背别人的好句子，第一篇就这样模仿出来的，再老板修改，反复打磨，看起来也是那么回事，反正结果是很好的，评审的也没有太刁难我的英文，就这样第一篇SCI收录的论文就出来了。刚学写作都是抄袭么，我虽然老是给师弟说天下文章一大抄，看你会抄不会抄，我还是非常仔细地检查不犯严重错误，至少数据了，图形了，骨头（idea）和肉（数据和图）是自己的，接些别人的衣裳穿，我大言不惭地就这么混下来了。
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第四：博士二年级
记得写过：

博学志士，博现在都不很好，学科分类很多，
能贯通多门学科的是天才，现在大都专学一个方向毕业。
然博士基本素质修养，我提这几个方面探讨：
一曰：修性，许多博士性格都挺怪异，性情的修养大都忘记，做博士首先达到一个较高性格水平，心胸开阔，能真心承认别人成就，不嫉妒，不自卑，平和前进，不断超越以前的自己，不断反省自己，能改正自己的一些毛病。
一曰：修身，坚持锻炼，能胜任长期伏案苦思和试验的劳作即可，不可以锻炼为目的。
一曰：修业，自己专业自己就下苦工吧，还要
        a：计算机基本技能，wword, tex会一个，最好都会；语言会一种达到编程的目的，c,FT, Matlab等挑个吧，网络知识，硬件基本知识，能修理电脑小毛病，FTP，bbs,java,病毒防治，email收发转，等等
        b：一门外语听说读写精通，一门了解；
        c: 对于研究保持热恋感觉，天天思之念之，真心喜欢，能不断追踪新的方向，比如看arXiv.
        d: 国学，诗词，历史，基本国家知识，爱国爱家，勤恳老成。

好，这些你都学到，你就毕业了，来我这里领证吧。

这些我是我二年纪的感触，到这个阶段，课没有了，老板管你呢很好，不管你呢，你就练练这些吧，否则写毕业论文时都可能遇到。

to be continued ,about 5 days.

发信人: wennydfb (moroseprince), 信区: PhD
标  题: 读博士的一些想法和做法（2）
发信站: 水木社区 (Sun Oct 15 16:44:56 2006), 站内

人啊，都有个毛病就是炫耀，好为人师，大家夸我，呵呵，要不我提前写（2）吧，接着晃悠小师弟妹们。
所以有骂我的也没有事，我已经把自己放在地上，不会摔我的。
接上读博士的一些想法和做法（1）

第四：博士二年级

.....
二年级非常迷恋88，就是浙大的缥缈，偶然看到一篇论文，批判SCI的，大意是国内学校都是一刀切，和最近浙大校长杨卫说法一致，杨院士也是我崇拜对象了，在96年的时候就认识，不曾想去浙大当校长去了，题外话。大意是：现在某些学校注重SCI,EI多少，好点学校注意IF 和cited times多少，国外是注意你在此领域最好的论文有多少。我当时记得呆了一上午，是啊，我当时雄心很大，把这种方法可以把经典的问题都做一遍，比较比较，影响因子0.8多的杂志可以发不少呢。可什么用处呢？同屋的老信电博士也问我，你公式了，图表一大堆，必须回答有什么实际用途；二是你准备成为SCI灌水专家还是真心在这个行业发展的人？

关于第一个问题，其实现在还困扰我，到底它有什么用处？写了大约十几片论文，觉得能够实际用的就2篇，其余都是自娱自乐类型的。其实翻翻许多外文文章，也是这样，那么这种论文到底有什么存在价值呢？我现在的想法是这样的：有些价值现在没有发现，有些能够满足人们对于某个现象某个原因的明白的诱惑，所以导致现在这么多论文，对于当今科技发展真正贡献的不是很多，大多数都放在图书馆生虫子了。让自己的大部分文章以后生虫子，还是让人翻来看去，就是一个普通科研人员和大师的一点区别。现在我只能悟到这样，各位有什么高见，可以直言！

第二个问题：由于学校制度的规定，如果你满足SCI发表毕业规定，也不想弄个全国优秀博士论文，就此打住，好好想想一些低水平的水文发不发？当然许多博士毕业留校当老师还是要遇到这个问题，不停地拆开论文发，会议一篇，中文英文期刊各一篇，这样才能评职称，评奖，唉，社会这个样子，导致我们许多人就这样一辈子过下去。我的策略就是在自己行业里设定几个期刊，达不到这些期刊水平的就让学生自己第一，发表中文的，自己不发低IF的，也不发中文的。就这么坚持，如果自己哪天灵感没有了，就不招学生了，宁愿自己干，退休了也自己干，把发文章当成个名誉问题，一篇有自己一篇的名誉，像以前老牌字一样经营自己的名誉。说到这里，真是有些吹了，不过确实就是这样想的，尽量这样去执行，尽量向高的IF杂志开拓，不要笑话是什么志向高啊，什么的，谁不曾有个梦想是吧，我的梦想就是发Nature，发PRL，发RMP，不为钱财，不为社会名誉，不为升官，就是自己圈子里你能做到，我也要做到，并且做到圈子里大家都觉得你好，你是最棒的。不要批判我，就是这么想法而已，搞纯理论么，自己有个奔头，可能一辈子也达不到。

第三个问题接着就来了，毕业就在国内找个学校教书呢，还是出去开阔眼界呢？其实周围浙大硕士出国的很多，作为师兄就不能出去转转？同时也发现回归的就是说话牛气，我在美国怎么怎么地，什么德国的天真篮啊，郁闷的要死，自己也出去，省得让人显摆的憋气。当时就开始琢磨，反正就是干同一行，就在文献上找。不要乱找，不少回信说，我也是博士生，等我当老板的时候再招你吧。哈哈，能把我气死。发现三个大牛人，跨度从88年到00年都有文章，都有署名，基本是老板级的了。两个美国的，一个法国的，美国一个搞生物的，发信讨论博士后的事情，那时2篇SCI，一篇接收吧，就是他主编的那个杂志，回信第一封就说，华人申请的来很难，二则对于这个方向不是很感兴趣，以后回信都是他的华人学生了，基本上没有戏，申请PD的太多了，另外一个美国牛人是空军的研究所，只能招美国国籍的，不知是忽悠我呢，还是真的如此，在美国读书的朋友可以印证一下。法国的老板一直没有回信，大约二年级暑假的时候他回信说，正式确定有个oversea PD position，你可以申请，同时 keep in touch.但是要求我5月必须有答辩结果，可以没有学位，等报导的时候再验证学位。我就决定暑假就回去看看父母，马上返回写毕业论文，同时贿赂老板，让他跑上层路线，争取提前答辩，提前答辩必须提前半年申请，规定写的很清楚，所以暑假开始写毕业论文了，能够二年开始写，得益于老板选的方向以及自己的第一片论文是老板的思想，所以二年级才做这么快。大家说的也对，第一片别怕，大胆投。

第五 博士三年级
第六：怎么做博后
第七 over
这三部分可能深夜能写完，争取写到10k字节

发信人: wennydfb (moroseprince), 信区: PhD
标  题: 读博士的一些想法和做法（3）
发信站: 水木社区 (Mon Oct 16 00:30:33 2006), 站内

第五 博士三年级
对于普博，三年级不该再为选题烦恼了，应该是干活很热火的一年。对于写文章我和在bbs上写小说一样，有写作的冲动，这个冲动是很特别的东西，有些老师和同学很有想法，就是说我懒，懒得写，我还有其他重要的事情去做，我怎么不明白还有其他比发表一篇印有自己名字的论文还有吸引力的东西。可能只有爱情那个费神费财的事情了，我也不是鼓励大家早结婚。总是琢磨古人云：成家立业。为什么成家在前立业在后呢？古代人结婚早，16,17就结婚，然后苦读考秀才？读博士时发觉早结婚有好处：不为这个谈恋爱犯愁了！有个同学一年级作的很好，谈上一个其他学校的小姑娘，真是费功夫，今个喝咖啡，明个买衣裳，下午爬个山，晚上草丛中缠绵，夜里临别我在屋里都听见吻的叭叭响，小姑娘一说话声音好嗲，我同学整个沉迷其中，生日开个party，什么半年一年相识纪念，整个服他俩了。他真个费了一年追求，真是难为了。你成家了，好了，什么花啊，蝶的，与你没有关系，你退出竞争行列了，你就整天别想了，最多煲电话，什么生日，打个电话就行了，老夫老妻么！对于这个让人神魂颠倒的爱情不必费那么多时间对于紧张的三年生活不无好处。个人感觉，不是鼓励大家都结婚再来读，老板们不都气死。对于那些还在博士期间寻觅得同学们，我也不知该说什么，有时想一切都是命，半点不由人，老爸整天嘟哝的还是有道理，缘分来了就看他顺眼，没有来满路满校园都卿卿我我，就觉得自己没有人疼，可怜，对着花啊草啊感叹流泪。没有办法，人终究需要关怀，都要嫁人都要娶妻（个别有独身主义的）。历史上不少同行夫妇，真是好羡慕，我最希望那样的，如童第周、叶毓芬——中国生物界的“居里夫妇”，钱三强取得了法国国家博士学位，又继续跟随第二代居里夫妇当助手。1946年，他与同一学科的才女何泽慧结婚。唉，羡慕啊。

写毕业论文不是很难的事情，前提自己确实做了工作了，搞工程的不懂，搞理论的还是很好写，第一章把方向的来龙去脉，各大流派，什么最新，什么争议，你要做什么，有何意义，分为几章，每章大约有何，好了，第一章就好了，能把这个脉络说清楚，你没有看文献肯定不会知道那么清楚，你引书，引来引去，其实不如自己找到原始文献来引，你会发觉许多都是歪曲原文含义，因此坚持找到原始的文献来把要引的看明白。虎头么，开篇给人恢宏大气的，气势磅礴的开始，呵呵，就是蛇尾也是让评稿的博导们不得不佩服你的综合能力。后面更是串糖串似的，自己最先的文章，发现有个问题，第二章第二篇文章，诸如下去，最后一章是自己想法，没有发的，大体写思路，以后什么地方会做有意义，其实毕业也不一定作。附录，致谢，发表论文清单，参考文献，来回对参考文献和文章中引用是否正确，如果多了，这是水磨功夫。不知大家怎么写的，我的就这么写下来，老板也没有改太多，就是第一章把自己专业套套，显得确实是这个专业的学生，第二稿就找评审的了，反正我是每家去送，自己先垫上评审费，然后打电话约定答辩时间，自己去骑车取评审意见，比现在盲审好多了，都买老板面子，就这么混到答辩那天了。大约是4月底，5.1前。答辩很丢人，说话结巴，有时脑袋一片空白，汗珠子乱掉，几次撑不下来了，最大的缺点就是没有预先排练一次，自己口才不行，应急能力太差，应该排练几次。就这样回答问题，晚上吃饭的时候几个老教授说，你看你紧张的，其实论文写的很好，你出去可得练练，别丢人。也来不及细想了，答辩后老板就去研究生院开了英文证明，说答辩很好，根据答辩和学校规定能够8月拿到学位证书，连同PD申请表，以及文章和文章收录证明用Fedex寄走了，这之后发觉自己不在状态了，老板几个点子都没有成功，自己也没有兴趣做，还去南京大学应聘职位没有成功，直到知道法国消息后，自己才兴奋起来，但是许多事情要做，办护照，跑学校的章子还是很费时间的，直到护照办到，真是感叹，这个是磨练人的活，不比写文章容易，几乎每天都跑，公证，签证，买些出去的东西，大约从6月忙到9月底。等签证出来，买好机票的那个时候，这是感叹，自己整个散架似的，不知大家这个过程何等感觉，我的感觉不想再来一次了。几乎三年级下半年没有干什么，就这样毕业了。

第六：怎么做博后
法国博后管理不是很严格，没有给我什么具体指标，说中间考核也没有考核，就是写写一半了，干些什么了。大体就是对老板负责就可以了。第一次的感触是老板认真，这是老外搞科研的共性？不知道是否是对。我记得让我写都是发了什么文章，我只写了页码的开始页，没有写结束页，老板第二天就找我来，你浪费我时间，你做事不严肃，说我真是不好意思，咋偷懒不写全呢，还有个要求很怪，引用那个论文，必须讨论稿里写明，文献哪页哪行，正式投稿再删掉，可能是憋你是否真看到这个文献了，不是自己瞎引的。另外一个特点是，我和一个洋师弟同时作一个东西，只有结果都相近，或相同，才能过，然后下一个，这样慢，但保证没有模拟错误。每天固定时间见面或者email讨论，无论你做还是没有作什么。讨论说英语，即使憋得通红，还是要说，如果他们说法语，先给我打招呼，我们不谈学术，说法语了，不要介意。老板快50了，刚上教授，我在的时候刚培养第三个博士生，每个毕业大约7年，从硕士开始算，他们硕士一年转博士生，看师弟的文章，嘿嘿，一般学校副教授没有问题，大约快10篇很好的论文了（IF大于2）。想想国内一个导师带那么多，真是不可想象。大跃进的真不可取，不知现在国家怎么想的。社会需求日渐高涨，博士越来越多，好坏以后自有定论。

不仅学习老板知识，就是那个坚持劲头，就让我佩服，上完课就在那里呆着，中午咖啡和苹果，实验室有厨房，热些什么吃吃，晚上有时email显示工作到12点多，好在法国假期多，不知他度假不度，不论什么时候给他写email，他肯定先回信收到，尽快给你答复。其次他数学好，我解不下去的，他能找到解决的方式，迄今为止我还没有难到他，我碰到的他都能blabla，真不知他数学学了多少。他最常问我的也是你写的有何意义，没有意义的，回答不出来的，你别写。一年多很快就过去了，没有像国内老板那么熟悉，没有很深厚的友谊似的，但是他一直鼓励和认真回答我每个问题和自己消息。最后他开始文章不做通讯作者了，理由是你应该独立了，以后我们是同事，不是boss了，你自己对于自己文章该负权责。这个是他最后的教诲。我是否有些崇洋了，确实很佩服这个法国老板，88年来坚持做到现在，新的想法似乎还没有停止。总体感觉在那里做的轻松，发的文章多少不影响工资，哈哈。整个过程很快过去了，感受实话说就是跟老板比差距很大很大，回国一定多修习一些，其实回来还是没有好好做。从博士到博后转变我觉得就是怎么成为一个独立的负责任的学者。称自己为学者不好意思。出去一下，很有裨益。
第七 over

--结束：文章千古事，得失在人心。说得虽然狂傲，可是真的是这个道理，乱写就会被人发现，被人耻笑，不成名则已，成了会成笑柄的。大家好好注意吧。
关于是一个人做研究呢，还是一个团体，这个还是分学科吧，数学了等理论的可以单独做下去，或者几个松散的联系交流，也可以作出好的结果，有些生物，航天，等大科学项目还是团体重要。

乱写很多，希望大家都有想法写出来共赏析，共同提高，不断进步，想做的最好每个人，每个团体吧都有很长的路要走。我们做的就是一直坚持地走下去，实现自己的设定或者梦想，无论艰难还是困苦，无论嘲笑还是鲜花，坚持体现在每个细节，试验的刷洗，公式的符号.....
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